แฟนของโคนัน “โมริ รัน” นั้น พ่อของเธอ “โคโกโร่” เปิดสำนักงานนักสืบอยู่ โคนันใช้สำนักงานนั้นเป็นที่พักพร้อมกับติดตามแกะรอยองค์กรลับไปด้วย เพื่อหลบสายตาชาวโลก องค์กรลับได้ใช้โรงเรียนประถมเป็นฉากบังตา และการได้ร่มเงาของนักสืบ โมริ โคโกโร่ โคนันได้ให้ความช่วยเหลือเพื่อที่จะเปิดโปงองค์กรนี้!!