โปเกมอนในตำนานอาร์เซอุสปรากฏกายขึ้น! ด้วยความช่วยเหลือของมัทสึบะ ในที่สุด โกลด์ก็ได้ล่วงรู้ว่าวาตารุอยู่ที่ไหน แต่เมืองเอ็นจูก็กลายเป็นสนามรบอย่างดุเดือด!! ขณะที่ตามไล่ล่า 4 ขุนพลแห่งแก๊งร็อคเก็ตอย่างไม่ลดละ ซิลเวอร์ กับคริสทัลก็มารวมตัวกัน! และแล้วฉากของเรื่องก็ได้ย้ายมาจากดินแดนปริศนาไปยัง "โบราณสถานชินโต"..!!!