ผจญภัยในนครแห่งการค้าไปกับ มาร์โก โปโล และเหล่านักสืบจิ๋ว โคนัน คราวนี้ไทม์ดริฟเตอร์ได้ย้อนเวลามาตามหาดอกเตอร์อากาสะ ที่นครเวนิส ประเทศอิตาลี ในยุคศตวรรษที่13 และได้พบกับมาร์โก โปโล นักสำรวจโลกชื่อดังในอนาคตที่กำลังตามหาผลไม้แห่งปัญญาอยู่เช่นกัน พวกเขาจึงร่วมผจญภัยไปด้วยกันท่ามกลางนครแห่งการค้า