2 สุดยอดโปเกมอน ได้ปะทะกันอย่างดุเดือด!! ณ เมืองรูเนะซึ่งเป็นสถานที่ตัดสิน! กุญแจซึ่งจะแก้ไขสถานการณ์อันสิ้นหวังนี้ได้คือ "การถอดรหัสแผ่นหินโบราณ" งั้นหรือ? สี่จตุเทพ แชมเปี้ยนและการปรากฏตัวของโปเกมอนลำดับที่ 3 ซึ่งพุ่งทะยานมาจากหอคอยแห่งนภา…! ทุกอย่างกำลังดำเนินไปสู่ปลายทางเดียวกัน พร้อมกับความทรงจำของรูบี้และแซฟไฟร์!!