ในการต่อสู้ครั้งสุดท้าย! เสียงคำรามอันกึกก้องของ 3 โปเกมอนดึกดำบรรพ์แห่ง ทะเล พื้นดิน และเวหา ทำให้ทั่วดินแดนโฮเอ็นสั่นสะเทือน!! แล้ว "สัญญา 80 วัน" ของรูบี้และแซฟไฟร์ สุดท้ายจะลงเอยเช่นไร? เมื่อตำนานบทหนึ่งจบลง ตำนานบทใหม่ก็ได้ถือกำเนิดขึ้น สถานที่คือหมู่เกาะทั้ง 7 แห่งคันโต! และตัวเอกก็คือ.. เร้ด แห่งเมืองมาซาระนั่นเอง!!