การต่อสู้เพื่อช่วงชิงเซอเนียสที่กลายเป็นต้นไม้ใหญ่! คอร์นีพยายามต่อสู้อย่างสุดชีวิต แต่ก็พ่ายแพ้ไปอย่างฉิวเฉียด ไม่เพียงแค่ต้นไม้ใหญ่เท่านั้น คีย์สโตนก็ถูกชิงไปด้วย!! เอ็กซ์ซึ่งรู้สึกผิดต่อเรื่องที่เกิดขึ้น จึงได้ปิดใจและเก็บตัวเงียบอีกครั้ง อีกด้านหนึ่ง เฟลอร์เดอลี ซึ่งเป็นบอสใหญ่ของฝ่ายศัตรูก็ได้ขุมพลังเพิ่มขึ้นมาอีก! "อาวุธสุดท้าย" จากเมื่อ 3,000 ปีก่อน กำลังจะเผยโฉมแล้ว!!!