ระเบิดที่ประเทศ A ขโมยไปเริ่มทำงานแล้ว! ถ้าปล่อยทิ้งไว้โลกต้องพินาศหมดสิ้น! กลุ่ม W3 จึงเดินทางไปยังเกาะยูดาเพื่อยับยั้ง! ขณะเดียวกันพินิกซ์ได้นำตัวชินอิจิไปยังเกาะนั้นเช่นกัน!