เป็นครั้งแรกที่ทั้ง 3 คนต้องแยกย้ายกันออกเดินทาง เพื่อปกป้องโปเกมอนในตำนาน ยุกซี่ เอมริท และแอ๊กนอม ซึ่งหลับไหลอยู่ในส่วนลึกของทะเลสาบอันลี้ลับทั้ง 3 แห่ง คือทะเลสาบเอจิ ทะเลสาบชินจิ และทะเลสาบริชชิ ไดอา เพิร์ล และพลาติน่า ต้องเผชิญกับการต่อสู้เพื่อทดสอบความสามารถวันแล้ววันเล่า! ทั้งในโรงงานผลิตเหล็ก และการต่อสู้ที่โรงยิม... เชิญพบกับเรื่องราวการเดินทางอันสนุกตื่นเต้นที่ไม่ควรพลาดแม้เสี้ยววินาที!!